Le conseil scientifique est consulté sur les orientations des politiques de recherche et sur la répartition des crédits de recherche. En formation restreinte, il se prononce sur des recrutements et divers aspects de la carrière des enseignants-chercheurs. Il est composé de 41 membres, dont 36 membres élus par la communauté universitaire et 4 personnalités extérieures. Il se réunit environ une fois par mois.
Les activités des assesseurs et de la vice-présidente du conseil scientifique sont menées en concertation, les deux assesseurs ayant plus spécifiquement en charge les dossiers concernant pour l'un la médecine et pour l'autre les sciences, ainsi que la coordination avec les deux facultés correspondantes.
Jorge Boczkowski, assesseur au CS domaine biologie-santé